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多能干細胞 （hPSC） 三系分化定量聚合酶鏈反應 （qPCR） 陣列設計用于表征 hPSC 及其三系分化能力。hPSC，包括胚胎干細胞 （ES） 和誘導多能干細胞 （iPS），具有自我更新的能力，能夠分化為三個胚胎胚層的細胞：外胚層、中胚層和內胚層。該 qPCR 陣列提供體外定向或自發分化后未分化的 ES 和 iPS 細胞及其三系衍生物的基因表達譜，從而驗證細胞系分化為三個胚層的能力。根據基因在 ES 和 iPS 細胞中與 hPSC 衍生的外胚層、中胚層和內胚層譜系細胞相比的差異表達來選擇基因（Adewumi 等人;Bock 等人）。
qPCR 用于確定多個樣品中基因表達的穩態 mRNA 水平的變化，通常歸一化為內部對照基因的相對表達。基因特異性引物可擴增從 mRNA 逆轉錄的 cDNA 庫中的靶序列，并且與 TaqMan® 技術一樣，雜交序列特異性探針提供來自 Taq DNA 聚合酶的 5' 核酸外切酶活性的熒光信號。熒光信號的積累速率用于定量樣品 cDNA，從而定量原始細胞裂解物中 mRNA 的量。
該 qPCR 芯片包含經驗證的引物和探針，用于檢測 90 個基因，這些基因的表達與處于分化早期階段的未分化 hPSC 或其衍生物相關，以及 6 個內源性（管家）對照基因。TBP（TATA 盒結合蛋白）qPCR 對照模板作為合成 DNA 陽性對照提供。
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